目前，國內現有的一些畜禽糞便發酵技術普遍存在著發酵，遠距離運輸，集中處理高成本的問題。同時因為發酵工藝落后，占地面積大，發酵過程中因發酵工藝落后造成地下水的污染和因發酵不全產生的氣味，使蚊蠅滋生對周圍環境產生嚴重影響。同時發酵生產受氣候影響嚴重，雨雪天無常工作，冬季因低溫導致設備無法處理糞便的現象。發酵時間普遍長達1-2個月，耗費工作人員數量多。

目前，化肥被大量施用以保持農林業高產。但是，隨著化肥用量不斷增加，土壤開始板結，化肥淋入地下水也將造成水污染。近年來，我國提倡有機農業，大量應用有機肥，達到保持作物產量的同時，保護土地和環境。畜禽糞便是有機肥重要來源，2016年我國僅養殖肉牛產生的牛糞就達到15萬噸以上，為我國有機肥生產提供了充足的原料。另外，我國小麥歷年種植面積為我耕種地總面積的22％～30％，產生大量小麥秸稈，秸稈為養殖業提供飼料，也為有機肥生產提供了豐富原料。但是，豐富的原料只是生產的基礎，重要的是對這些原料的加工利用。其中關鍵的是有機肥原料的發酵腐熟技術不斷發展與創新。

菌肥是一種以菌類為基礎的肥料，主要由菌絲體、孢子體和菌體等組成。菌肥可分為兩大類：一類是以菌絲體為主要成分，如木霉菌肥、腐霉菌肥等；另一類是以菌體和孢子體為主要成分，如果霉菌肥、曲霉菌肥等。
菌肥具有以下特點：
1. 富含有機質：菌肥主要由菌類生物轉化而來，富含有機質，能夠提供植物所需的營養元素。
2. 促進土壤活性：菌肥中的菌類有利于土壤微生物的繁殖和活動，促進土壤的生物學活性。
3. 改善土壤結構：菌肥能夠分解有機物質，改善土壤結構，增加土壤通氣性和保水能力。
4. 提高植物力：菌肥中的菌類具有一定的抗病能力，能夠提高植物的力，減少病害發生。

菌肥的使用方法：
1. 施用量：一般情況下，每畝土地使用菌肥的量為10-15公斤。
2. 施用時間：菌肥可與基肥一同施用，也可作為追肥使用。一般在種植前2-3周施用，或者在植物生長期間按需追肥。
3. 施用方式：菌肥可直接撒在土壤表面，然后輕輕耕入土中，也可與底肥或追肥混合使用。 需要注意的是，菌肥的保存要避免陽光直射和高溫環境，盡量保存在陰涼干燥處。
此外，在施用菌肥時，應避免與農藥等化學物質混用，以免發生不良反應。

菌肥提高果實內在品質，農產品糖度、蛋白質、纖維素、胡蘿卜素、鈣、鋅等營養成分均有大幅提高，表現為果實口感好，脆甜可口，畸果少，耐儲運；表觀品質提高，果實齊整，個大，果品上色好，表面硬度高，表光好；提前成熟，果實增重增產顯著。

本品含有的微量元素能有效調節葉面氣孔開閉及水分蒸騰，增強作物抗旱、抗干熱風、抗寒及抗低溫的能力，對旱作農業具有重要意義。 生物菌能固氮并活化土壤中沉積的磷和鉀，提高肥料利用率，調控養分釋放，并且在其他元素供應過量時，有抑制供給的特點。 生物菌在植物根系周圍形成保護屏障，抑制、和生理害的發生。