菊粉是一種由D-果糖經β(1→2)糖苷鍵鏈接而成的線性直鏈多糖，分子中約由31個β-D-呋喃果糖和12個吡喃菊糖殘基聚合而成，果糖殘基之間能通過β-2,1-鍵連接。其末端常帶有一個葡萄糖殘基，聚合度（DP）為260。
干燥的菊粉為白色無定形粉末，短鏈菊粉比長鏈菊粉更易溶于水，且溶解度隨溫度的升高而明顯加大。此外，菊粉還具有吸濕性強、能結合自由水的特點。
菊粉的分子式一般表示為GFn，其中G代表終端葡萄糖單位，F代表果糖分子，n代表果糖的單位數。需要注意的是，由于菊粉是由多個果糖分子和少量葡萄糖分子通過糖苷鍵連接而成的多糖，因此其分子式并不固定，而是一個表示其組成結構的通式。
