注意事項編輯
雖然有機肥的成分種類較多，但是每種養分的含量相對較少，并且病菌較多。需要存放腐熟以殺滅病菌、并與化學肥料配合使用，效果更好。
隨著科學技術的不斷發展，通過有益菌群的人工篩選、分離、馴化培養技術，將有益菌群接入無害化處理后有機肥中，可以生產出多種多樣不同品種的生物有機肥，它能改善土質、減少環境污染、增肥增效等。
有機農業中使用的有機肥需經過有機認證機構的認證，符合產品的生產標準。近些年來，我國各種生物肥料發展迅速，年產量達數十萬噸以上。這些生物肥料以科技含量較高、增產效果明顯和為主要特點，它的生產、推廣和應用對增進土壤肥力，提高農作物產量，改善農作物品質和切實推行農業可持續發展都有積極意義。 針對生物肥料在生產、產品質量和使用等方面存在的問題，本刊記者采訪了江西農業大學高勇生教授，旨在提高農村廣大群眾對這類肥料的認識，更加正確、科學地使用這些肥料，以促進我國生物肥料的健康發展。

生物有機肥使用注意事項
，生物有機肥施入土層不易過深。因為生物有機肥是依靠其活性來分解有機質的，其活性在一定的溫度、濕度、透氣性、有機物質的條件下才能實現。而施入太深會影響生物肥活性。因此，生物有機肥以施在地表下10 到15厘米處為宜。
生物有機肥施用時也不宜與單一化肥混施。 單一化肥因其成分單一，且酸堿程度不同，如果大量施用，勢必影響生物有機肥的生物活性。因此，生物有機肥好單施用。
生物有機肥與農家肥(生雞糞)、磷酸二銨復合肥配比要合理 給瓜果施肥的原則施生物肥要，有機肥要腐熟，化肥要元素全(根據瓜果種類不同合理配比)。在施用時應注意，生雞糞鹽過多，磷酸二銨磷過多(18個氮、 46個磷)，復合肥氮、磷、鉀配比為15：15：15或16：16：16或17：17:17，如果選用時，一定要先計算，再配比，后施用。另外，生物有機肥穴施更重要，特別是茄果類蔬菜，重茬現象不可避免。即使補施了一些生物肥、微肥，由于受溫度、濕度、透氣性、有機質等條件的影響，再加上幼苗根弱的原因，很難快速發揮作用，如果穴施生物有機肥，一方面可快速促進活躍土壤，提高土壤透氣性，促進根系快速生長發育;另一方面可緩解因有機肥不腐熟、化肥沒分解形成養分的空缺，及時供給根系養分，給根系一個良好的生長環境，促進團根早形成。

處理方法編輯
有機肥料無害化處理的堆、漚方法也很多，如EM堆腐法、自制發酵催熟堆腐法和工廠化無害化處理等。 [2]
EM堆腐法
EM是一種好氧和嫌氧有效微生物群，主要由光合、放線菌、酵母菌和菌等組成，在農業和環保上有廣泛的用途。它具有除臭、殺蟲、殺菌、凈化環境和促進植物生長等多種功能。用它處理人、畜糞便作堆肥，可以起到無害化作用。其具體方法如下：
　　（1）購買EM原液。然后，按清水100毫升和蜜糖或紅糖20--40克、M酪100毫升、燒酒（含酒精30%～35%）100毫升和EM原液50毫升的配方，配制成備用液。
　　（2）將人、畜糞便風干至含水量為30%~40%。
　　（3）取稻草、玉米稈和青草等，切成長1、5厘米的碎料。加少量米糠拌和均勻，作堆肥時的膨松物。
　　（4）將稻草等膨松物與糞便按重量10：100混合攪拌均勻，并在水泥地上鋪成長約6米、寬約1、5米、厚20~30厘米的肥堆。
　　（5）在肥堆上薄薄地撒上一層米糠或麥麩等物，然后再灑上EM備用液，每1000千克肥料灑1000~1500毫升。
　　（6）按同樣的方法，在上面再鋪第二層。每一堆肥料鋪3-5層后，上面蓋好塑料薄膜發酵。當肥料堆內溫度升到45℃～50℃時翻動一次。一般要翻動3～4次才能完成。完成后，一般肥料中長有許多白色的霉毛，并有一種特別的香味，這時就可以施用。一般夏天要7～15天才能處理好，春天要15~25天，冬天則更長。肥料中水分過多會使堆肥失敗，產生惡臭味。各地要根據具體條件，反復試驗、摸索才行。