土壤污染的主要因素有：農用殘膜、放射性元素、病菌物質，重金屬、抗生素、化肥農藥，影響農作物生長和農產品品質進而影響人類健康。然而，微生物肥料修復土壤的基本原理是在適當的條件(水分、溫度、pH值等)下，肥料中的微生物菌群與土壤中原有的有益微生物共同形成優勢菌群，促進土壤生態系統中碳、氮、氧等元素的良性循環，從而修復土壤生態環境系統，使生態系統達到新的穩定的平衡。其中，微生物肥料對無機污染物的修復機理是微生物肥料進入土壤生態系統后，好氧菌、厭氧菌等微生物益生菌群，通過自身的生物反應，降低土壤的酸度，提高土壤的pH值，從而降低土壤中有害重金屬的毒害。

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