1、配合有機物同時使用 枯草芽孢桿菌在農業種植中主要作用是利用活菌加速有機物分解為無機物供植物吸收利用。微生物的生長需要營養物質，主要包括碳源、氮源和微量元素。常年使用化肥的土壤中微量元素較多，但是缺少有機物，這種土壤即使使用了枯草芽孢桿菌也無法生長增殖，無法發揮作用。
2、碳氮比 有機物好選用粉碎后的豆粕，豆粕中含有較高的氮源，能夠滿足枯草芽孢桿菌的生長需要。單純使用玉米粉混合枯草芽孢桿菌，缺少氮，容易導致枯草芽孢桿菌跟植物爭奪氮，不利于植物生長。因此，使用玉米粉同時添加一些尿素效果會更好。
3、連續間斷使用 長時間使用化肥的土壤容易板結或者鹽堿化導致土壤中的微生物減少，無法利用土壤中的微生物進行自身調節和修復功能。因此，人為添加枯草芽孢桿菌有利于改善土壤板結，可以半月使用一次枯草芽孢桿菌，長期使用。
枯草芽孢桿菌作為一種活菌制劑，應用于實際養殖和種植上時由于眾多因素的影響，人為很難做到較好的控制。因此，在使用上也存在很大差別，效果跟使用的方法及人員操作有很大關系。

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