醫院污水中還會出現特殊廢水，它是診療、化驗過程出現含氰、汞、以及酸性廢水，但是由于診療化驗時產生的特殊廢水較少，所以通常特殊廢水會有各科室收集到收集桶內，再根據廢水的具體性質采用適合的方法進行處理，處理后的污水再進入醫院污水處理設備進行處理。

污水處理設備的安裝與調試方法如下：
??1、根據安裝圖與基礎圖，準備基礎以安裝平面圖大小尺寸為準，做好混凝土底板。
??2、安裝時嚴格根據安裝圖連接管道，設備就位后連接管道用橡皮墊緊固好，使連接處不滲漏。注意本設備安裝圖及管道連接圖按標準連接及平面布置，如用戶要求可任意布置，但在訂合同時提出。
??3、管道安裝連接應該在設備就位時考慮好，設備就位時按說明書設備自重，配合吊車噸位大小，安裝順序按現場對照圖就位，筒體的位置，方向不能放錯，互相間距正確。
??4、設備安裝完畢無不妥后，即可用土填入設備四周與間隙中夯實，并整平地面填土時應注意：
??（1）設備人孔蓋板高出地坪50mm左右；
??（2）不能讓土堵塞人孔蓋板上的進氣口。
??5、安裝完畢后成都污水處理設備與基礎地板連接固定，不使設備流動上浮，同時須在設備中注入污水，充滿度達到70%以上，以防設備上浮。同時，檢查好各管道有無滲漏。
??6、把電控柜控制線與設備接通，接線時注意風機及潛污泵電機的轉向，控制柜要放在通風處，保持干燥，一般控制柜不能放在露天。須防日曬，淋雨等。以免控制板及接線頭漏電，燒毀控制板。
??7、連接好風機、水泵控制線路，并注意風機、水泵的轉向正確無誤。

醫療污水特點：醫療污水的水質特點是含有大量的病原體──病菌、病毒和寄生蟲卵。如結核病醫院污水，每升可檢出結核桿菌幾十萬至幾百萬個。醫院污水還含有消毒劑、藥劑、試劑等多種化學物質。利用放射性同位素醫院療手段的醫院的污水還含有放射性物質。醫院污水的水量與醫院的性質、規模及所在地區的氣候等因素有關，按每張病床計一般為每天200～1000升。醫院污水處理主要是消毒，即殺滅病原體。常用的方法是氯化消毒或用臭氧消毒(見水的消毒、廢水氧化處理法)。醫院排出的放射性廢水常用貯存衰減法處理。醫院常用的放射性同位素如1碘,32磷,198金，24鈉等是半衰期較短的同位素，因此可以將放射性污水貯存于地下衰變水池內,貯存時間為10倍于半衰期,把放射性濃度降到容許排放的程度。如果放射性污水的濃度很低，水量很小，也可用稀釋法處理。

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