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雖然有機肥的成分種類較多，但是每種養分的含量相對較少，并且病菌較多。需要存放腐熟以殺滅病菌、并與化學肥料配合使用，效果更好。
隨著科學技術的不斷發展，通過有益菌群的人工篩選、分離、馴化培養技術，將有益菌群接入無害化處理后有機肥中，可以生產出多種多樣不同品種的生物有機肥，它能改善土質、減少環境污染、增肥增效等。
有機農業中使用的有機肥需經過有機認證機構的認證，符合產品的生產標準。近些年來，我國各種生物肥料發展迅速，年產量達數十萬噸以上。這些生物肥料以科技含量較高、增產效果明顯和為主要特點，它的生產、推廣和應用對增進土壤肥力，提高農作物產量，改善農作物品質和切實推行農業可持續發展都有積極意義。 針對生物肥料在生產、產品質量和使用等方面存在的問題，本刊記者采訪了江西農業大學高勇生教授，旨在提高農村廣大群眾對這類肥料的認識，更加正確、科學地使用這些肥料，以促進我國生物肥料的健康發展。
畜禽糞便加工有機肥設備把畜禽糞便、農業廢棄物、糖廠濾泥、污泥、生活垃圾等污染物，通過耗氧發酵的原理制成綠色環保、改善土質的生物有機肥。可達到升溫、3-5天去臭、滅菌（能殺滅糞便中的蟲卵病菌等）、七天成肥，比使用其它機械手段發酵方法速度快，。
未經腐熟發酵的農家肥，直接用到地里會燒苗;畜禽糞便是一種很好的有機肥原料，畜禽糞便加工成有機肥，杜絕了對環境的不利影響，并把糞污變成可利用的肥料資源，一噸能賣在500-1000元左右，同時增加養殖戶的收入，可謂是'一舉兩得'。
豬糞有機肥生產線設備工藝流程：
1、地面條堆、用地面翻堆機，或發酵池投放物料、用槽式翻拋機
2、均勻撒入菌劑、翻堆發酵達到升溫、處臭、腐熟、殺滅雜菌草籽
3、發酵7-12天、根據各地氣溫不同翻堆次數多少一不一樣
4、完全發酵腐熟、出池（地面式直接用鏟車收堆）
5、用分級篩進行粗細篩選，（篩選好的粉狀肥就可以直接出售了）
6、把篩選出的大塊用粉碎機粉碎后返回分級篩
7、把所需微量元素用預混機進行混合
8、用造粒機進行造粒
9、送入烘干機和冷卻機
10、自動包裝機包裝出售
經過發酵完結的有機肥能夠直接運用，發酵后的雞糞有機肥顯著的沒有臭味，并且肥地效果更好，添加作物的發芽率，在高溫發酵的進程經過繼續高溫文微生物平衡，堆猜中的有害菌、蟲、蟲卵、草籽等農作物有害生物被敏捷、完全殺死，并按捺病原菌再次繁殖。其實在發酵這種生物有機肥的辦法和傳統的雞糞做肥料的辦法沒有太大的差異，僅僅多加了一些微生物菌種讓其能夠更快的發酵罷了，雞糞發酵有機肥的辦法就是這么簡略。
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