進口原材料受天氣、國際市場變化等因素影響。今年以來日益的全球糧食危機對國際生物燃料產生了直接影響。生產工藝不成熟。現有成熟工藝存在著燃料穩定性不夠或潤滑性差等缺點。

打破生物燃料現狀的途徑作為一種新興的能源生物燃料，現階段完全取代航空煤油是不現實的。歸根結底，使用哪種燃料取決于成本。因此，在技術不斷突破的前提下，如何建立完善的產業，大規模降低成本，是生物燃料發展的關鍵。

然而，目前微藻生物柴油的生產成本仍然很高，這是制約其商業化生產的瓶頸。除了繼續開發具有優良產油性能的藻類外，還實現微藻生產的綜合利用。例如，從微藻中獲得高附加值產品，如DHA、類胡蘿卜素和活性多糖，并將廢棄海藻殘渣用作水產養殖的誘餌。

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