由于總面積是一定的，而許多第三方物流企業在建造自動化立體倉庫時只重視辦公、實驗(包括研發)的面積，卻忽視了庫房面積，因此造成了這種局面，即為了滿足庫容量的需要，只好通過向空間發展來達到要求。但是貨架越高，機械設備的采購成本和運行成本也就越高。除此之外，由于自動化立體倉庫內優的物流路線是直線形的，但在倉庫設計時往往會受到平面面積的限制，造成本身物流路線的迂回(往往是s形，甚至是網狀)，這會增加許多不必要的投入和麻煩。
自動化立體倉庫的上游、下游及其內部各子系統的協調，有一個木桶效應的問題，即短的那一塊木板決定了木桶的容量。有的倉庫采用了很多的高科技產品，各種設施設備也非常，但是由于各子系統間協調性、兼容性不好，造成整體運作能力比預期差很多。
隨著經濟全球化步伐的加快，物流供應鏈中蘊藏的潛力越來越引起人們的注意。而物流中心則是物流供應鏈中重要的樞紐之一。它是接受并處理下游用戶的訂貨信息，對上游供應方的大批量貨物進行集中儲存、加工等作業，并向下游進行批量轉運的設施和機構。而實現這些功能的直接執行機構包括：
（1） 自動倉儲設備（自動化立體倉庫）
（2） 其它貨架（平面托盤貨架與流動貨架等）
（3） 各種輸送機（輥道輸送機、鏈條輸送機、皮帶輸送機、升降移載機、提升機等）
（4） 各種分揀設備
（5） 無人臺車（AGV、RGV、LGV）
（6） 其它各種輔助設備
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