冷藏集裝箱廣泛采用機械式制冷裝置，分為制冷式和冷藏式兩種。冷凍式冷藏集裝箱箱內溫度在-18℃以下，用于運輸冷凍食品，如豬肉、牛肉、魚和家禽。冷藏式冷藏集裝箱箱內的溫度一般為5℃~16℃，適合水果、蔬菜、花木等運輸。國際間通用的冷藏集裝箱一般是冷凍冷藏箱。冷凍裝置和加熱裝置可以根據使用要求任意調節箱內溫度，可以運輸冷凍食品，可以運輸冷卻食品或其他貨物。
冷藏集裝箱在冷卻過程中經常發生故障，造成這種故障的原因很多。例如，冷藏集裝箱在運行時設定的溫度與人工實測的溫度相同，但冷武箱溫度記錄表盤顯示的溫度和前者相差很大，表明溫度感溫探測器出現故障。雖然還有其他故障原因，但不管是什么原因，都要準備檢查和維修。
冷藏集裝箱脫離制冷時間：各種運輸方式之間的交接可能出現短途運輸或制冷系統故障，造成停止制冷。對冷凍和冷藏保鮮貨物短時間地停止制冷狀態是允許的。許多產品出現幾小時的停止制冷可以接受，但并非所有貨物都如此。對任何冷藏貨物均不允許出現長時間地停止制冷。對特種貨物和溫度靈敏貨物應保持制冷系統連續工作，避免任何溫度波動造成貨物質量下降。
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