自動化立體倉庫的上游、下游及其內部各子系統的協調，有一個木桶效應的問題，即短的那一塊木板決定了木桶的容量。有的倉庫采用了很多的高科技產品，各種設施設備也非常，但是由于各子系統間協調性、兼容性不好，造成整體運作能力比預期差很多。
輸送系統
根據物流圖，合理選擇輸送機的類型，包括：輥道輸送機、鏈條輸送機、皮帶輸送機、升降移載機、提升機等。同時，還要根據倉庫的瞬時流量合理確定輸送系統的速度。
其它設備
根據倉庫的工藝流程及用戶的一些特殊要求，可適當增加一些輔助設備，包括：手持終端、叉車、平衡吊等。
五、初步設計控制系統及倉庫管理系統（WMS）的各功能模塊
根據倉庫的工藝流程及用戶的要求，合理設計控制系統及倉庫管理系統（WMS）。控制系統及倉庫管理系統一般采用模塊化設計，便于升級和維護。
自動化管理提高了倉庫的管理水平。自動化立體倉庫采用計算機對貨品信息進行準確無誤的信息管理，減少了在存儲貨物中可能會出現的差錯，提高了工作效率。同時，立體自動化倉庫在入庫出庫的貨品運送中實現機動化，搬運工作安全可靠，減少了貨品的破損率，還能通過特殊設計使一些對環境有特殊要求的貨品能有很好的保存環境，比如有毒、易爆的貨品，也減少了人在搬運貨品時可能會受到的傷害。
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