實驗室污水處理流程大致分為三個主要步驟，包括預處理，主要處理和二次處理。
　　1、是預處理，它旨在去除進入處理過程的大顆粒物和沉淀物。這些物質通常來自于實驗室中的懸浮固體物質，比如細胞，細菌等。預處理可以采用鏡像過濾，離心等方式。

　　2、是主要處理，主要處理的目標是去除水中的有機物質、氮和磷鹽等污染物。這一步驟的實現通常采用生物處理方式，也就是通過微生物將污染物質分解掉，通常會使用生物濾池或污泥法系統來處理。

　　3、是二次處理，其目的是去除在主要處理中沒有被去除的殘余污染物，這需要進一步處理。例如，用深度過濾技術將污染物在化學過濾和膜過濾中去除。

水解法

對有機酸或無機酸的酯類，以及一部份有機磷化合物等容易發生水解的物質，可加入氫氧化鈉或氫氧化鈣， 在室溫或加熱下進行水解。水解后，若廢液害時，把它中和、稀釋后，即可排放。如果含有有害物質時，用吸附等適當的方法加以處理。

實驗室廢液處理注意事項：

1)、盡量回收溶劑，在對實驗沒有妨礙的情況下，把它反復使用；

2)、為了方便處理，其收集分類往往分為：a)可燃性物質b)難燃性物質c)含水廢液d)固體物質等。

3)、可溶于水的物質，容易成為水溶液流失。因此，回收時要加以注意。但是，對甲醇、乙醇及醋酸之類溶劑，能被細菌作用而易于分解。故對這類溶劑的稀溶液經，用大量水稀釋后，即可排放。

4)、含重金屬等的廢液，將其有機質分解后，作無機類廢液進行處理。

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