由于數據傳輸路徑不通暢或數據冗余等原因，會造成系統數據傳輸速度慢，甚至無法傳輸的現象，因此要考慮自動化立體倉庫內部以及與第三方物流企業上下級管理系統間的信息傳遞的問題。
自動化立體倉庫的上游、下游及其內部各子系統的協調，有一個木桶效應的問題，即短的那一塊木板決定了木桶的容量。有的倉庫采用了很多的高科技產品，各種設施設備也非常，但是由于各子系統間協調性、兼容性不好，造成整體運作能力比預期差很多。
合理布置自動化立體倉庫的總體布局及物流圖
一般來說，自動化立體倉庫包括：入庫暫存區、檢驗區、碼垛區、儲存區、出庫暫存區、托盤暫存區、不合格品暫存區及雜物區等。規劃時，立體倉庫內不一定要把上述的每一個區都規劃進去，可根據用戶的工藝特點及要求來合理劃分各區域和增減區域。同時，還要合理考慮物料的流程，使物料的流動暢通無阻，這將直接影響到自動化立體倉庫的能力和效率。
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