種子休眠與萌發
黃連種子有胚后熟休眠習性，收獲是種胚呈透明橢圓形的胚原基狀，甚至是一團尚未成形的粘質，胚后熟需經歷形態后熟與生理后熟兩個階段。黃連種胚在形態發育早期，即心形胚時期，促成種胚發育的溫度條件范圍較廣，以5～20℃之間較為適宜，當種胚由心形向長心形或魚雷形發展時，在5～10℃條件下能顯著加速，種子采收后如一直放在冰箱(5～10℃)內層積，可以在6～9個月內完成形態后熟，達到裂口。
完成形態發育的種子，還在0～5℃低溫1～3個月完成生理后熟。種子后熟期間有充足的水分供應。外源赤霉素也可加速種子的后熟。完成生理后熟的種子，于翌年春氣溫達到11～14℃時整齊萌發。萌發時胚根殘留的胚乳，伸入土壤中成為根，下胚軸伸長，將1對子葉、種皮和殘留胚乳空殼頂出土面，子葉從種皮及胚芽空殼中脫出展開，然后兩片子葉中間的胚芽發出片真葉。
芽的生長發育
黃連芽有兩種，即混合芽和葉芽。混合芽生長于根莖每個分枝之者稱為頂芽，在頂芽基部可看到側生混合芽，與頂芽呈45～90°角。混合芽圓形，外被鱗葉7～9片，剝出鱗片，可明顯看到穗原始體和葉原始體，早春發育成花苔和新枝。葉芽又稱枝芽，著生與地下根莖上距土表1～4cm處，緊貼在根莖上并與其平行(扁圓尖形)。剝去5～6片鱗葉，可見到3～4片佛手狀葉原始體，又有飽滿葉芽與瘦小葉芽之分，早春萌動后長出短莖，在莖叢生4～5片葉。
瘦小葉芽一般不出土，只有個別長出細枝，出土后發出1～2片小葉。芽的多少與飽滿程度是黃連產量的決定因素，與土壤肥力及田間管理措施有密切關系，肥沃的土壤黃連分化的芽多;如隱蔽度太大，或覆蓋土層過深，混合芽相應減少。一般隨著黃連生長年限增加，芽也相應增加，栽培第6年亮棚后，強光抑制芽的生長。
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黃連移栽后，會出現一些死苗，因此要適時補苗。
苗期黃連宜每2個月栽培除草一次，移栽后可每4個月除草一次。
苗期間伐后每畝地施稀釋農家肥2噸，秋九月每畝地施牛糞200公斤。移栽兩個月后，再次施用稀釋的農家肥，當年秋季和次年春秋也施用追肥。肥料的用量每次都可以增加。
黃連在移栽初期應保持80%的郁閉度，然后每年減少10%的郁閉度。在黃連生長的全過程中，要注意調節光照條件，黃連的正常生長。
溫度要求
黃連耐寒力強，性喜高寒冷涼的氣候，不耐高溫炎熱氣候，它的葉片能在霜雪環境變差常綠狀態。它能耐零下10度的低溫，在零下6度葉片能常綠，零下5度植株處于休眠狀態，在50度以上，植株開始萌發新葉，10度時，新葉生長極快，而當溫度25度，新葉生長緩慢。
光照要求
黃連是陰生植物，忌強光直射，喜弱光和散射光環境，所以在種植時要做好遮光處理，也可以選擇林下栽培的方式。黃連對于光照的需求隨生長年份而增長，一般需要蔭蔽度60%左右，在生長初期，蔭蔽度越大，越有利于幼苗生長，而植株進入到地下塊莖膨大時，這時則要揭開遮蔽物，使地上莖葉生長受限，是養分向根莖轉移。
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