使用PXI?Express不能快速的系統運行速度，系統速度常見的瓶頸問題與背板速度無關，但是在接收或者傳輸大量數據的模塊上可以看到速度優勢。?
PXI?Express的機械接口和電氣接口，不同于PXI。為了充分利用快速PCI?Express通道，機箱通常既包含PXI插槽和又包含PXI?Express插槽（混合機箱）。因此，機箱可以詳細描述多種類型的插槽。通常，插槽被定義如下：?
控制插槽，只適用于PXIe和混合機箱設定的控制器。?
PXI?Express插槽，只適用于PXI?Express模塊，其中只用相對較少的類型可用。?
混合插槽，適用于EXTHER?PXI?Express或者PXI模塊，兩組連接器，但是第二個PXI連接器縮短以滿足PXIe連接器。?
擴展插槽，僅適用于PXI模塊。?
觸發插槽，只能由被設計為填充該插槽的模塊使用，因此不適用于“正常的”外設模塊。由于這個原因，一些機箱不設置定時插槽。?
PXI?Express機箱在每個通道內支持的PCIe通道數也不同。這對于用戶來說是透明的，但是對于高速應用，在確保一些PXIe插槽具有大量PCIe通道時，具有相當大的優點，因為這是適用于PCIe機箱的主要原因。?
還有其他電氣差異，特別是電源功率不同。PXI?Express不支持5V和-12V電源功率。5V電源是一個特別的問題，因為常用的繼電器具有5V線圈—并且是存儲在分配的通道內的部件中，因此容易用于服務支持。?
大多數外設模塊是PXI，而不是PXI?Express
PXI Express
由于對電腦速度需求的增長，PCI總線越來越成為系統的瓶頸，從并行總線建立分支的系統結構也越來越難以適應電腦性能的提高。
此瓶頸通過高速串行接口得以突破，PCIe通過成對的數據線傳送信號，通常稱作PCIe通道(PCIe lane)。單個通道并不比一個64位 33MHz PCI接口更快，但是可以同時建立多個通道以提高數據傳輸速率，四通道是早期比較主流的配置形式。串行總線連接的形式是點對點的，所以每個連接僅承載線路兩端設備間的數據(以及由這些設備擴展而出的設備的數據)并且不會出現一端懸空的連接以避免高速數據的波形發生畸變。通過這些技術進步使每個通道的速率得以提升。這種串行接口系統先天比并行總線具有更好的擴展性。
PCIe第1版規定每通道的基準速率為2.5Gb/s(解碼后2.0Gb/s)，隨后的升級規范進一步提高了數據傳輸速率并且增加了通道的數量從而可以提供更高的數據帶寬。同時提供了對用戶透明的降速機制以應對高速設備與下游低速設備(因規范版本或通道數量不同)相連接的情況。
數據連接速率依賴于機箱、機箱插槽以及模塊，通常數據傳輸速率越高相應的實現成本也越高。除了這些，用戶實際上并不需了解PCIe接口上數據管理的過程。
系統為樹狀結構，一個單一的PCIe連接在此結構下擴展為多個連接，并可以進一步擴展更多下級連接。處于主干的分支(源于根復合體，Root Complex)的連接需要較大的帶寬以支持更多下游設備的數據流。
與PCI類似，所有信號流均需出入于根復合體，實際速率同時取決于PCIe接口和控制器處理所有數據和驅動程序的能力。在PXI規范中添加了PCIe而稱為PXIe。與PXI和PCI的關系相同，PXIe規范中也包含了測試測量領域所需要的各種擴展特性。
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