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雖然有機肥的成分種類較多，但是每種養分的含量相對較少，并且病菌較多。需要存放腐熟以殺滅病菌、并與化學肥料配合使用，效果更好。
隨著科學技術的不斷發展，通過有益菌群的人工篩選、分離、馴化培養技術，將有益菌群接入無害化處理后有機肥中，可以生產出多種多樣不同品種的生物有機肥，它能改善土質、減少環境污染、增肥增效等。
有機農業中使用的有機肥需經過有機認證機構的認證，符合產品的生產標準。近些年來，我國各種生物肥料發展迅速，年產量達數十萬噸以上。這些生物肥料以科技含量較高、增產效果明顯和為主要特點，它的生產、推廣和應用對增進土壤肥力，提高農作物產量，改善農作物品質和切實推行農業可持續發展都有積極意義。 針對生物肥料在生產、產品質量和使用等方面存在的問題，本刊記者采訪了江西農業大學高勇生教授，旨在提高農村廣大群眾對這類肥料的認識，更加正確、科學地使用這些肥料，以促進我國生物肥料的健康發展。
現在市場上的生物有機肥產品質量良莠不齊，使用作用也不行安穩，一些產品的構成需求改善，存在較多質量問題。
經過發酵完結的有機肥能夠直接運用，發酵后的雞糞有機肥顯著的沒有臭味，并且肥地效果更好，添加作物的發芽率，在高溫發酵的進程經過繼續高溫文微生物平衡，堆猜中的有害菌、蟲、蟲卵、草籽等農作物有害生物被敏捷、完全殺死，并按捺病原菌再次繁殖。其實在發酵這種生物有機肥的辦法和傳統的雞糞做肥料的辦法沒有太大的差異，僅僅多加了一些微生物菌種讓其能夠更快的發酵罷了，雞糞發酵有機肥的辦法就是這么簡略。
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