藍莓苗的根系沒有根毛。正因如此，藍莓根系的吸收能力比具有根毛的根系小得多。其吸收面積只有同樣大小具有根毛的小麥根系的1/10。藍莓的根系細，呈纖維狀，細根在分枝前直徑為50～75um。
值得注意的是，幾乎所有藍莓的細根都有內生菌根的寄生，從而克服藍莓根系由于沒 有根毛造成的對水分及養分的吸收困難。近年來，眾多的研究已，菌根的寄生對藍莓生長是有益的。
矮叢藍莓根系的主要部分是根狀莖。據估計，矮叢藍莓大約85%的莖組織為根狀莖。不定芽在根狀莖上萌發，并形成枝條。根狀莖一般為單軸形式，直徑3～6。根狀莖分枝頻繁，在地表下6～25深的土層內形成緊密(穿插)的網狀結構。新發生的根狀莖一般為粉紅色，而老根狀莖為暗棕色并且木栓化。矮叢藍莓的根系分布在上層中的有機質層。
合格的藍莓苗為：北高叢品種株高35-40cm，叢枝數2-4個，枝莖基部粗度為3-4mm；半高叢品種株高35cm，叢枝數3-4個，枝莖基部粗度3-4mm；植株生長健壯，根系發達，充滿整個基質空間，無病蟲害，能田間定植成活。
藍莓苗的根系適宜疏松、有機質含量高的酸性基質，一般pH值4.0～5.2為宜。不同的品種、苗齡、生育期對基質要求差異較大。小苗期對基質要求嚴格，隨著苗齡的增長，對基質的要求可適當放寬。
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