而甲醇制氫以甲醇價格 2500 元 噸計算，生產 1 標準立方米氫氣消耗原料甲醇約 0.65kg ，原料成本約為 1.625 元 ，甲醇制氫在原料成本上相對較低。在設備投資方面，天然氣制氫裝置通常規模較大，設備復雜，投資成本較高，一套日產 1000 公斤氫氣的天然氣制氫裝置投資約為 800 - 1500 萬元 ；而同等規模的甲醇制氫裝置投資在 500 - 1000 萬元左右 ，甲醇制氫設備投資相對較少。
前文已計算出甲醇水蒸氣重整制氫到加氫站的槍口約為 27.91 元 /kg 氫氣 ，遠低于電解水制氫在高電價情況下的成本。在環境效益方面，電解水制氫過程清潔，不產生二氧化碳等污染物，若使用可再生能源發電進行電解水，可實現近乎零碳排放。
反應工藝優化方面，光熱協同制氫和電化學原位制氫等新技術為甲醇制氫開辟了新路徑。浙江大學研發的等離子體共振反應器，利用太陽光譜中紅外波段（800 - 1200nm）直接驅動甲醇重整，系統能效達 68%，較傳統熱法提升 40% 。
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