變化為石。 元 鄭元祐《次韻劉憲副春日湖上有感》詩：“鶴老離巢松化石，鸞孤照水竹穿沙。” 明 劉基《雙帶子》曲之四：“天上星辰能化石，黃河千歲也還清。”；典出《初學記》卷五引 南朝 宋 劉義慶《幽明錄》：“ 武昌山 上有望夫石，狀若人立。古傳云：‘昔有貞婦，其夫從役，遠赴國難，攜弱子餞送北山，立望夫而化為立石，因以為名焉。’” 明 何景明《結腸賦》：“淚隕血而崩城兮，身立枯而化石。” 明 張煌言《得友人書道內子艱難狀》詩：“漸來應化石，遮莫但飛蓬。” 蘇曼殊《無題》詩之七：“分明化石心難定，多謝云娘十幅箋。”
化石作為煉丹材料 煉丹。 唐 駱賓王《代女道士王靈妃贈道士李榮》詩：“漫道燒丹止七飛，空傳化石曾三轉。”
《山海經》也有“石魚”（即魚化石）的記述；南朝齊梁時期陶弘景有對琥珀中古昆蟲的記述；宋朝沈括對螺蚌化石和杜綰對魚化石的起源，已有了正確認識。迄今，發現早的細菌化石為距今35億年前的澳大利亞瓦拉翁納群中的絲狀細菌化石。
通常如肌肉或表皮等柔軟部分在保存前就已腐蝕殆盡，而只留下抵抗性較大的部分，如骨頭或外殼。它們接著就被周圍沉積物的礦物質所滲入取代。許多化石也被覆蓋其上的巖石重量壓平。
有胚植物現知古老的生痕化石源自于奧陶紀，雖然此類的化石是零碎不全的。到了志留紀才有完整個化石被保留下來，包括石松門的“刺石松”。泥盆紀之后，萊尼蕨門的詳細化石在此時期被發現，此化石顯示出了其植物組織的單一個細胞。泥盆紀時亦出現了被認為是古老樹木的植物“古羊齒屬”，此類植物在其樹干上有蕨葉，但此蕨葉不會產生孢子。
松柏和開花植物的根、莖及枝干的化石可以在湖泊及海岸的中生代和新生代地層中被找到。加州紅木、木蘭、櫟樹和棕櫚樹等化石常被找到。
石化木普遍存在于世界的部份地區，且常在酸性及沙漠地區中所發現，因為那些地方很容易因侵蝕作用而暴露。石化木通常都被嚴重地硅化（有機質被二氧化硅取代），且生殖組織常會被保存在良好的狀態。此類的樣本有些會使用寶石雕琢的裝置來切割及磨光。石化木的石化林已在每個大陸中被發現。
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