轉化效率面臨瓶頸：目前甲醇制氫的轉化效率雖有一定水平，但仍有提升空間。受限于甲醇重整反應的熱力學和動力學平衡，在現有技術條件下，進一步提高氫氣產率和純度面臨挑戰，難以滿足大規模、高純度的用氫需求。系統集成復雜：甲醇制氫系統涉及甲醇儲存、輸送、重整反應、氫氣分離與提純等多個環節，系統集成難度大。
設備投資較高：建設甲醇制氫裝置，尤其是大規模、高純度的制氫裝置，需要投入大量資金用于購置反應設備、分離設備、凈化設備等。對于一些小型企業或分布式能源項目，較高的設備投資門檻可能限制其應用。
廢水廢渣處理：甲醇制氫過程中可能會產生含有機物、重金屬等污染物的廢水以及廢棄催化劑等廢渣，若處理不當，會對環境造成污染，而廢水廢渣的處理需要額外的成本和技術投入。安全層面甲醇的危險性：甲醇屬于有毒、易燃液體，在儲存和運輸過程中存在泄漏、火災、爆炸等安全風險。
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