通過有益微生物和蚯蚓的生命活動，產生了生長素、細胞分裂素、赤霉素、吲哚酸等植物激素，促進植物生長，調控植物代謝；還會產生大量多糖。其中的有益微生物還能產生拮抗活性強、抗菌譜廣的抗生素，限制病原菌的生長，使植物土傳病害得到抑制。
由于蚯蚓糞中含有高達45%以上有機物和無機營養物以及植物生長激素，與其他肥料相比，具有衛生、無異味、顆粒細小均勻，吸水保水、透氣等性能還富含有益微生物，這些都是其他合成肥料所不具備的，因此可作為園林花卉、溫室大棚種植的有機肥。 它所含的吲哚乙酸、赤霉素等激素能促進植物生長；所含黃腐酸對植物（如花椒、番茄）生長量、葉面積等亦有明顯促進作用。
相比較發酵雞糞和羊糞來說，蚯蚓糞是肥效高，且安全，無肥害，不燒苗，也沒異味的有機肥，對新手花友特別友好。
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