利用冷藏集裝箱運輸水果時，應考慮水果的呼吸作用和乙烯的催化作用，控制冷藏集裝箱內的溫度。氣體法是一種比較普遍的方法，它意味著用氣密材料包裹果蔬，使果蔬不能與同一種氣體交流，果蔬根據自身的呼吸作用，使貯藏環境的氣體含量達到適當的標準。可以適當地跳入機身，保持各種機身的平衡。其次是連接基調法。該方法是指通過檢測設備檢測并調整冰箱內部的氣體含量，以使設定的基準與冷藏集裝箱內部的各種氣體的成分一致。
二手集裝箱可用作二次利用的工具，質量較好的二手集裝箱，其實在經過簡單的翻新后，也可再次用作運輸工具。由于有些集裝箱只是因為年代久遠，或者是公司不再需要才被淘汰，其實并沒有什么嚴重的問題，仍然可以繼續使用。因此只需簡單的進行翻新，就能后續的使用效果，實用性還是不錯的。集裝箱再利用需要經過嚴格的檢驗才行，所以一定要對基礎進行確認，以免影響使用。
有時在行程時間較短的情況下使用的另一種制冷系統是全損耗制冷，其中使用冷凍的二氧化碳冰（或有時是液氮）進行冷卻。低溫冷凍的氣體緩慢蒸發，從而冷卻容器并從中排出。只要系統中有可用的冷凍氣體，容器就會被冷卻。這些已在軌道車中使用多年，可提供長達17天的溫度調節。雖然(上海冷藏集裝箱租賃)冷藏集裝箱在航空運輸中并不常見，但通常使用全損耗干冰系統。這些集裝箱有一個裝有固體二氧化碳的腔室，溫度由恒溫控制的電風扇調節，空運版本旨在保持溫度長達100小時左右。
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