該反應相對簡單，但由于產物中一氧化碳含量較高，而一氧化碳會對后續的氫氣應用，如燃料電池的使用產生不利影響，因此通常需要對產物進行進一步的處理，如通過一氧化碳變換反應將一氧化碳轉化為二氧化碳和氫氣，以提高氫氣的純度和質量 。
相比之下，甲醇在常溫常壓下為液體，其密度約為 0.79g/cm3 ，便于儲存和運輸。它可以利用現有的液體燃料儲存和運輸基礎設施，如油罐車、管道等，大大降低了儲存和運輸成本。
在設備投資方面，甲醇制氫裝置的規模可根據實際需求靈活調整，從小型的分布式制氫裝置到大型的工業制氫工廠均可實現。對于中小規模的用氫需求，甲醇制氫設備的投資相對較低，建設周期短，能夠快速滿足用戶的需求。
能量效率是甲醇制氫技術面臨的另一大挑戰。甲醇水蒸氣重整制氫是吸熱反應，需要外界提供大量的熱量來維持反應的進行。在傳統的甲醇制氫工藝中，通常采用燃燒化石燃料來提供熱量，這不僅增加了能源消耗和生產成本，還會產生一定量的二氧化碳排放，降低了整個制氫過程的能源效率和環境友好性 。
甲醇是一種有毒、易燃的化學品，在儲存、運輸和使用過程中存在一定的安全風險。如果發生泄漏，甲醇可能會對人體造成中毒危害，同時也容易引發火災和爆炸事故。在甲醇制氫裝置的運行過程中，需要嚴格控制甲醇的泄漏，并采取有效的安全措施，如設置泄漏檢測報警裝置、配備消防設備等。
此外，甲醇制氫過程中會產生一定量的二氧化碳排放，雖然相較于傳統的化石燃料制氫方法，其二氧化碳排放量相對較低，但在全球對碳排放要求日益嚴格的背景下，如何進一步降低甲醇制氫過程中的碳排放，實現低碳甚至零碳制氫，也是該技術面臨的重要挑戰之一 。
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