冷藏箱裝載完畢并且電源接通后，應安排有經驗的船員檢查確認冷藏裝置開始運轉，溫度正在逐步達到設定值。如果冷藏裝置不運轉，應當采取基本檢查措施。許多冷藏貨物索賠產生的原因是對于華氏度和攝氏度，以及正負溫度的混淆。冷藏貨物裝上船后，就要注意確保溫度設定正確。如果實際溫度設定與貨物運輸指示之間存在任何差別，均應立即匯報。
在二手冷藏集裝箱制冷裝置運行過程中，蒸發器盤管上會形成冰層，這取決于設定溫度、貨物溫度、通風裝置的新風量和貨物濕度。制冷裝置會定期進入除霜狀態，一系列電加熱裝置會產生熱量或向蒸發器盤管內吹入熱空氣。此時所有風扇將停止旋轉，以防止熱空氣進入貨艙。但是，由于回風溫度傳感器位于制冷機組附近，因此可能會記錄溫度升高。因此，除非經過數據記錄軟件處理，否則溫度記錄會顯示與除霜間隔一致的周期性溫升。如果除霜時間很短，每小時的溫度讀數和除霜時間可能會有一些差異。
有時在行程時間較短的情況下使用的另一種制冷系統是全損耗制冷，其中使用冷凍的二氧化碳冰（或有時是液氮）進行冷卻。低溫冷凍的氣體緩慢蒸發，從而冷卻容器并從中排出。只要系統中有可用的冷凍氣體，容器就會被冷卻。這些已在軌道車中使用多年，可提供長達17天的溫度調節。雖然(上海冷藏集裝箱租賃)冷藏集裝箱在航空運輸中并不常見，但通常使用全損耗干冰系統。這些集裝箱有一個裝有固體二氧化碳的腔室，溫度由恒溫控制的電風扇調節，空運版本旨在保持溫度長達100小時左右。
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