根據(jù)醫(yī)院污水的排向和處理要求確定醫(yī)院污水處理的級別。如醫(yī)院污水是排入城市下水道，則根據(jù)《污水排入城市下水道的水質標準》和《醫(yī)院污水排放標準》要求，可采用處理消毒的工藝流程。如污水是直接排入地面水體，則應按《污水綜合排放標準》要求進行處理，通常需要用二級處理消毒工藝。如有特殊要求時，甚至需要采用三級處理工藝，如在水源二級保護區(qū)以外的地面水三級水域或污水回用時。

醫(yī)院污水處理系統(tǒng)除了包括含菌污水的處理和消毒外，對其他各種特除排水根據(jù)需要還應單處理，如含有重金屬的廢水，放射性廢水、含油廢水和洗印廢水等。重金屬廢水來自牙科治療和化驗室，含有汞，鉻等有害污染物，可用化學沉淀法或離子交換法處理。放射性廢水來自同位素治療和診斷。低濃度放射性廢水采用衰變池處理，或用化學共沉淀法、離子交換法處理。含油廢水來自廚房食堂，一般采用隔油池處理。洗印廢水來自照片洗印，含有銀、顯影劑、定影劑等有害物質、含銀廢水可采用電解法回收銀，顯影劑可用化學氧化法處理。

醫(yī)院廢水處理設備采用國際的生物處理工藝，在總結國內外生活廢水處理裝置的運行經(jīng)驗的基礎上，結合自己的科研成果和工程實踐，設計出一種可地埋設置的成套有機廢水處理裝置，集去除BOD5、COD、NH3-N于一身，具有技術性能穩(wěn)定可靠、處理效果好、投資省、自動化運行、維護操作方便、不占地表面積、不需蓋房、不需采暖保溫等優(yōu)點。地面之上可種花種草，不影響周圍環(huán)境。

新標準對醫(yī)院產(chǎn)生的污水、廢氣和污泥進行了全面控制，在強調對含病原體污水的消毒效果的同時，兼顧生態(tài)環(huán)境安全。在生物指標上，新標準對排入下水道與排入水體的醫(yī)院污水提出不同要求。新標準嚴格區(qū)分醫(yī)院性質，同時根據(jù)污水去向分為兩個等級，并在原有標準基礎上提出嚴格的控制各級指標。新標準考慮了消毒效果和生態(tài)安全性問題，針對不同性質醫(yī)院及污水去向對消毒時間和余氯量均作了明確規(guī)定，嚴格了余氯標準的上限。在理化指標方面，對排入地表水體的醫(yī)院污水和傳染病醫(yī)院污水的COD、BOD5、SS、動植物油、石油類、陰離子表面活性劑等指標都在原有標準基礎上進行了嚴格的控制，以增強污水處理系統(tǒng)的抗風險性。考慮氨氮也消耗消毒劑，對氨氮也提出了嚴格的要求。

醫(yī)院污水處理過程中排出的污泥按每張病床計，每天平均為0.7～1升，含水95%，含有污水中病原體總量的70～80%，進行消毒處理。消毒方法有加熱消毒、化學藥劑消毒、γ射線消毒等。加熱消毒的熱源通常為蒸汽、電能或生物能(高溫堆肥)，有的地區(qū)可以用太陽能。或者用焚燒法處理(見污泥焚燒)。化學藥劑消毒可用漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性鈉等。用漂白粉或液氯時,有效氯用量約為污泥量的2.5%。用堿性藥劑時，污泥的pH值達到12后，保持半小時以上，效果好。

污水處理設備，是一種能有效處理城區(qū)的生活污水，工業(yè)廢水等的工業(yè)設備，避免污水及污染物直接流入水域，對改善生態(tài)環(huán)境、提升城市品位和促進經(jīng)濟發(fā)展具有重要意義。 地埋式污水處理設備適宜住宅小區(qū)、醫(yī)院療養(yǎng)院、辦公樓、商場、賓館、飯店、機關、學校、、 水產(chǎn)加工廠、牲蓄加工廠、乳品加工廠等生活污水和與之類似的工業(yè)有機廢水，如紡織、啤酒、造紙、制革、食品、化工等行業(yè)的有機污水處理，主要目的是將生活污水和與之相類似的工業(yè)有機廢水處理后達到回用水質要求，使廢水處理后資源化利用。