醫院污水主要來自診療室，病房，化驗室，手術室，洗衣房，行政管理部門以及食堂，宿舍等排放的污水，主要污染物為有機污染物，病原微生物及病毒。醫院污水現在只經格柵除渣及消毒后處理既排放，采用二氧化氯消毒劑，余氯和細菌學指標能達標，但有機物未被去除。為了全面達標，醫院增加了曝氣生物濾池污水處理工藝處理污水。考慮到該醫院污水處理廠占地有限以及水中含有一定量消毒劑的特點，決定采取負荷高，占地少，對進水有機物濃度范圍適應性錢的曝氣生物濾池工藝。

醫院排出的放射性廢水常用貯存衰減法處理。醫院常用的放射性同位素如131碘,32磷,198金，24鈉等是半衰期較短的同位素，因此可以將放射性污水貯存于地下衰變水池內,貯存時間為10倍于半衰期,把放射性濃度降到容許排放的程度。如果放射性污水的濃度很低，水量很小，也可用稀釋法處理。中國的《放射性防護規定》要求每一微居里放射性同位素達到容許排放濃度需稀釋水量1.67米3。當放射性污水濃度很高,放射性的半衰期很長，不宜用貯存法和稀釋法處理時，可用蒸發法、離子交換法或凝聚沉淀法進行分離濃縮處理（見放射性廢水處理）。

醫用污水處理的原則是：分質分流，局部分隔治理，把污染就近消滅在污染源。主要處理方法為沉淀與消毒。我國常用的消毒劑為液氯，近年來，為了提高消毒效率及不產生二次污染多趨向采用臭氧化法消毒，消毒處理后均可達到排放標準。處理過程中產生的污泥常采用石灰消毒法及高溫堆肥法進行處理。
對于綜合醫院(不帶傳染病房)污水處理可采用“預處理→強化處理→消毒”的工藝。通過混凝沉淀(過濾)去除攜帶病毒、病菌的顆粒物，提高消毒效果并降低消毒劑的用量，從而避免消毒劑用量過大對環境產生的不良影響。 醫用污水處理的強化處理一般采用混凝沉淀、過濾、氣浮等工藝。過濾的固液分離方式需要反沖，操作管理較為復雜，而氣浮工藝中氣體釋放易導致二次污染。所以醫用污水中一般采用混凝沉淀工藝。
簡易生化處理工藝的流程為“沼氣凈化池→消毒”。沼氣凈化池分為固液分離區、厭氧濾池和沉淀過濾區。三區的主要功能分別為去除懸浮固體，吸附膠體和溶解性物質，進一步去除和降解有機污染物，后通過沉淀和過濾單元去除剩余懸浮物和降解有機污染物，出水質量。所產生沼氣根據氣量大小作不同的處理，當1m3污泥制取沼氣達15m3以上時，收集利用；當1m3污泥制取沼氣不足15m3時，收集燃燒處理。 沼氣凈化池利用厭氧消化原理進行固體有機物降解。沼氣凈化池的處理效率優于腐化池和沼氣池，造價低、動力消耗低，管理簡單。 作為對于邊遠山區、經濟欠發達地區醫用處理的過渡措施，逐步實現二級處理或加強處理效果的處理。
根據醫院的規模、性質和處理污水排放去向，進行工藝選擇。主要采用的工藝有三種：加強處理效果的處理、二級處理和簡易生化處理。醫院污水處理一般采取工程設計、建設及驗收的操作與管理辦法，其處理設施需經過一定時間的試運行，處理效果才能達到預期目的。化學法治理需經一個月的試運行，二級生化法處理需經三個月以上的試運行。因此，小型綜合醫院（主要包括城市衛生服務社區、鄉鎮衛生院）亟需尋求一種資金投入較少、建設周期較短、安全穩妥達標的技術方案（設備）。