荔枝根系因苗木繁殖方法不同而異。實生樹及嫁接樹有發(fā)達的主根；高壓（圈枝）繁殖的荔枝側(cè)根須根發(fā)達，沒有主根。荔枝的根系由很多粗壯發(fā)達的側(cè)根和纖細茂密的細根所組成，初生的幼根白色，肉質(zhì)，質(zhì)脆易斷，俗稱“豆芽根”。

老根呈灰褐色。荔枝根系與真菌共生，形成菌根，為總狀分枝式。不同品種，樹表皮的色澤和糙度有差異。水東黑葉、大造等品種的樹干灰白色，表皮較光滑，黑葉、糯米糍、禾荔等品種，樹干黑褐色，表皮較粗糙。

枝梢的葉芽和花芽均是單芽，且裸露，但頂芽有雛葉包圍保護。枝梢優(yōu)勢強，頂芽容易萌發(fā)成枝；腋芽，強枝者只有1～2個能萌發(fā)，其余均為潛伏芽。新梢老熟后有的枯死，由側(cè)芽變成頂芽。
由葉芽抽出帶葉的枝條稱營養(yǎng)枝。一般長度為20～30厘米，徒長枝長達60～100厘米。末次梢營養(yǎng)充足生長良好，次年能抽穗開花者，稱為結果母枝。
由結果母枝抽出的能開花結果的枝條稱結果枝。荔枝的花芽是混合芽。當花穗發(fā)育過程遇高溫時，抽出帶葉花序的結果枝；當花穗發(fā)育過程遇低溫時，抽出不帶葉的純花序，結果枝不明顯，變成花序的主軸。
荔枝花穗抽出至開花前的孕蕾期長短與多種因素有關，但以冬春（1～3月）的氣溫影響大，一般為30～40天，而開花期的長短則與品種、氣候、花穗抽生早遲等有關，短的僅15天，長的可達86天，荔枝樹的開花有如下特性。