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菊花品種具有多樣性，分類工作者們探討菊花的原祖。或認為野菊是菊花的原始祖先，或認為甘菊是原祖，或認為它的原祖是小紅菊，或者開出一系列的可能的原祖名單。中國科學工作者有的還進行過屬間雜交實驗，在探討菊花真源方面做了一些推測性和實驗性工作。無論推測和實驗，都是試圖把菊花的來源落實于該屬的某一個或某兩個種上，并且試圖指出，在這些浩瀚的品種中，哪一個品種為原始，即是說，想找出原始的菊花品種。
可以肯定，菊花的來源是多方面，是多元而不是單元起源。菊花是異花受粉植物。人們在長期的實踐過程中，運用種間，甚至屬間雜交的辦法，來獲取菊花的新性狀，并通過返交、互交等有性過程來獲得新性狀的分離。這樣如此返復的遺傳重組合和性狀的分離，新性狀就越來越多。在這個過程中，有意識的人工雜交和隨機的自然選擇都可以同時出現或交替發生。但是，去劣擇優的人工選擇過程，卻永遠起著主導作用。菊花染色體極其有限。僅記錄到菊花是6倍體，2n=54。菊花新品種產生的另一個可能的途徑是體細胞的突變（芽變），用固定芽變的辦法來獲得新品種。
菊花遍布中國各城鎮與農村，尤以北京、南京、上海、杭州、青島、天津、開封、武漢、成都、長沙、湘潭、西安、沈陽、廣州、中山市小欖鎮等為盛。 8世紀前后，作為觀賞的菊花由中國傳至日本被推崇為日本的圖樣。17世紀末葉荷蘭商人將中國菊花引入歐洲，18世紀傳入法國，19世紀中期引入北美。此后中國菊花遍及全球。
